Standardmäßig ist das Stammverzeichnis eines Website-FTP-Benutzers dasselbe wie das Basis-Webverzeichnis der Domäne. Sie können es jedoch in das Stammverzeichnis der Domäne ändern (indem Sie einen leeren Wert verwenden) oder in ein Unterverzeichnis (indem Sie einen relativen Pfad unter dem Webverzeichnis verwenden). Dies setzt voraus, dass der FTP-Server so konfiguriert ist, dass Clients auf ihre Home-Verzeichnisse beschränkt sind, was bei Standardinstallationen von Virtualmin die Standardeinstellung sein sollte.