Správce souborů (pouze domovský adresář) Správce souborů je pokročilý Java applet, který nabízí dvoupanelový pohled na souborový systém serveru. Je to jedna z nejvýkonnějších funkcí Webminu, která i nezkušeným uživatelům umožňuje spravovat soubory, adresáře a oprávnění, upravovat textové soubory, nahrávat a stahovat soubory a další. Ve výchozím nastavení bude mít vlastník domény přístup pouze ke svému vlastnímu adresáři a jeho podadresářům.