Questa opzione specifica se il proprietario del dominio avrà accesso al modulo Webmin dei comandi personalizzati. Con il modulo Comandi personalizzati è possibile estendere Webmin senza dover programmare un nuovo modulo. Un comando personalizzato può eseguire qualsiasi comando sul sistema con qualsiasi opzione specificata. È anche disponibile la sostituzione delle variabili in modo che l'utente che esegue il comando possa fornire argomenti di input o opzione al comando ed è possibile eseguire il comando come utente Webmin registrato o come qualsiasi utente sul sistema (incluso root, ma essere attenzione con quello!). Questa è una funzionalità molto potente di Webmin, che consente di aggiungere nuovi "pulsanti" che eseguono funzioni specifiche del proprio ambiente o che alcuni utenti potrebbero aver bisogno di accedere.